1、承包商提出付款申请
工程费用支付的一般程序是首先由承包商提出付款申请，填报一系列监理工程师指定格式的月报表，说明承包商认为这个月他应得的有关款项，包括：①已实施的永久工程的价值；②工程量表中任何其他项目，包括承包商的设备、临时工程、计日工及类似项目；③主要材料及承包商在工地交付的准备为永久工程配套而尚未安装的设备发票价值的一定百分比；④价格调整；⑤按合同规定承包商有权得到的任何其他金额。承包商的付款申请将作为付款证书的附件，但它不是付款的依据，监理工程师有权对承包商的付款申请作出任何方面的修改。
2、监理工程师审核，编制期中付款证书
监理工程师对承包商提交的付款申请进行全面审核，修改或删除不合理的部分，计算付款净金额。计算付款净金额时，应扣除该月应扣除的保留金、动员预付款、材料设备预付款、违约罚金等。若净金额小于合同规定的临时支付的最小限额时，则监理工程师不需开具任何付款证书。
3、业主支付
业主收到监理工程师签发的付款证书后，按合同规定的时间支付给承包商。实践证明，把工程费用支付的签认权和否决权交给监理工程师，对控制项目投资十分有利。通过对施工过程的各个工序设置由监理签认的检验程序，同时设置监理工程师对中期（月/周/季）财务支付报表的一系列签认程序，提高了监理工程师的权威性，可使监理工程师有效地控制项目实施过程中的投资支出，同时也可以大大促进施工企业内部提高管理水平。
