水运工程管理分级管理
（1）大江大河流域或跨省的水运工程系统，由国家主管机构管理；受益及影响范围在某一地区以内的地方航道和港口，由地方政府及其主管机构管理。
（2）海区因自然地理条件不同，受益范围跨海区、跨部门的由国家主管机构管理；受益及影响范围在某一地区以内的，由地方政府及其主管机构管理。
（3）由企业集体或中外合资、外商独资兴办的水运工程，如专用的港口码头及其进港航道、航道枢纽等，由投资者或其委托的代理机构进行管理，国家给予技术指导。
水运工程管理部门之间的分工
（1）国家主管水运工程的机构负责水运工程的统筹规划、政策法规、经济调节（包括指令性和指导性经济计划）、检查和监督。
（2）流域、海区性机构负责其管辖范围内水运工程的管理和开发工作。
（3）涉及部门之间矛盾的问题，由上一级水运工程主管机构负责协调。
水运工程管理专业机构的设置
大江大河及大海区，由国家水运工程主管部门设置流域性机构，如各流域的航务管理局，海区性机构如航务工程局、航道局等专业机构进行管理；地方性的港口、航道由地方部门按照规模大小分别设置地方性的航务工程管理局、航道局、港务局等专业机构管理；集体企业的专用设施，如专用港口码头及其进港航道和助航设施等，由投资者设置管理机构进行管理。部分原航务管理分局及其下设的工程局或设计院，按政企分离原则成为独立的企业，在工程市场上成为技术骨干基础和市场行为主体。
