长期以来，有些施工企业成本控制意识差，简单地将项目成本控制的责任归于项目财务人员，而技术人员只负责技术好工程质量，工程组织人员只负责施工生产和工程进度，导致没有了成本控制的责任控制。因而目前企业大部分项目成本管理都是粗放型的管理模式，管理效果比较差，成本控制并不理想，项目成本普遍偏高，主要体现在以下两方面：
工程施工项目战略层成本管控方面存在的问题
(1)工程施工项目质量成本高 质量成本是指为保证和提高工程质量而发生的一切必要费用，以及因未达到质量标准而蒙受的经济损失。质量成本分为内部故障成本(如返工、停工等引起的费用)、外部故障成本(如保修、索赔等引起的费用)、质量预防费用和质量检验费用等4类Ⅻ。少数施工企业强调工程质量，对工程质量虽然有了较大提高，但也过多增加了所付出的质量成本。大多数项目经理部片面追求低成本，而忽视质量，结果会增加因未达到质量标准而付出的额外质量成本，既增加了成本支出，又对企业信誉造成很坏的影响。
(2)工程施工项目时间成本高
时间(工期)成本是指为实现工期目标或合同工期而采取相应措施所发生的一切费用。工程项目都有其特定的工期要求，工期不是越短时间成本越低，在合同允许的时间内工期成本最低才是目标。
工程施工项目策略层成本管控方面存在的问题
（1）工程施工项目物料成本高
施工所用的物料费用占整个项目成本中的比重最大，可达60-70％。多数企业在施工准备阶段的用料计划计算的不准确，进料时把关不严，质量和数量的误差较大；物料采购价格不透明，物料采购成本损失严重；在堆放料物的地方，经常发生施工现场的车辆碾压物料入土造成浪费；经常发生材料被盗事件；有的工程竣工后，物料剩余现象严重；有的物料运输距离长，使物料运输成本增加，最终导致物料成本过高。
(2)工程施工项目设备成本高
目前机械设备使用费约占到项目总价的10-20％左右。普遍存在机械设备管理不善，机械设备故障不断，状况较差，平时维护保养不足，导致施工设备利用率不高；临时工未经过严格培训考核就上岗，造成机械非正常损坏，影响施工进度；一些项目部为保证施工不间断，没有计算好设备租赁与设备购置的成本比较，盲目购置而造成设备闲置；在高额的设备购置费用折算到设备成本时，由于预算定额设定的机械设备原值和折旧率过低，工程项目施工中的机械费用实际支出一般都要超过预算定额的给定水平，造成工程项目成本的亏损。
(3)工程施工项目管理成本高
许多施工企业的工程项目成本核算不规范，没有建立完善的项目成本核算体系。有些工程项目缺乏必要的管理成本控制环节，不进行管理成本的预测和计划，管理费的开支由领导说了算，存在随意性；有些项目的管理成本计划和实施出现“两张皮”，没有依据成本计划进行管理成本控制或由于成本计划编制质量不高，无法依据成本计划进行控制，使管理成本脱离实际。
